1906—1908
疏勒河流域汉塞峰隧遗址
罗布淖尔北海头故城
1906年4月，斯坦因开始了他的第二次中亚探险。10月重访了尼雅遗址，12月到达楼兰遗址，相继发现了许多汉文文书及佉卢文文书。1907年1月，到达米兰，发现了古代藏文文书。2月离开楼兰，前往敦煌，在敦煌以北的疏勒河流域汉塞烽燧遗址中掘得708枚（或云704枚）汉文木简。其中有纪年者166枚，最早的为西汉武帝天汉三年（前98年），最晚的是东汉顺帝永和二年（137年）。此外还掘得一些粟特文、佉卢文、婆罗谜文书。後来在罗布淖尔以北的北海头故城又得魏至北宋木牍104枚，在尼雅遗址中得11枚。到了敦煌莫高窟後又骗走王道士大批古文书。斯坦因在其所著《西域考古记》和《中国沙漠考古记》（牛津出版）中对上述所获有详细的记载和叙述。1913年，沙畹在牛津出版了题为《斯坦因在东土耳斯坦考察所获汉文文书》一书，刊布了斯坦因这次所获的大部分实物照片。这批材料的刊布，立即引起国内外学者的关注，但作出最大贡献的还应首推中国学者罗振玉和王国维。1914年，由日本东山学社出版了两人合著的《流沙坠简》之後，王国维又写了一系列有关的论文，有高深的造诣，为当时东西方学者所望尘莫及。遗憾的是《流沙坠简》所据的材料只是沙畹公布的533枚简牍照片，未能见到孔好古的那部分文书，因此在资料收集上有一定的局限性，所以後来有人不断地对此书进行了补充和纠正。
1907
俄国探险家科兹洛夫在考察西夏古都黑城时发现简牍两枚。1923年，他撰写了题为《蒙古安多和死都哈刺和卓》的调查报告，刊布了这些材料。
1908—1910
日本大谷光瑞探险队第二次来中亚考察。1909年2月到达库尔勒。之後桔瑞超与野村三郎分头从天山南路向西进发，在楼兰遗址海头故城中得“李柏文书”（关於“李柏文书”的出土地点，日本学者森鹿三曾撰文《李柏文书的出土地点》进行了讨论）及晋代木牍 5枚。“李柏文书’的内容是关於讨伐不肯归附前凉的西晋戊已校尉赵贞及安抚高昌诸国等事宜。据有些书籍及文章的报导，日本探险队这次共得简牍23枚。这些简牍的摹本和照片发表在1915年日本光华社出版的《西域考古图谱》和I 931年日本出版的《书道全集》（三）中。